Begründet wurde die Kirche vom Johanniterorden. Bereits im Jahr 1194 wird der Ort Groß Eichsen, damals einfach Eixen, als Parochie (Pfarrei) des Bistums Ratzeburg belegt. Das war zu der Zeit, als Friedrich I. (Barbarossa), Kaiser des Heiligen Römischen Reichs, gerade gestorben, der 3. Kreuzug beendet und in der Folge unbewaffneten christlichen Pilgern wieder der Zugang nach Jerusalem erlaubt war, Richard I. (Löwenherz) in England regierte und Robin Hood durchstreifte den Sherwood Forest bzw. den Barnsdale Forest. Im Jahr 1230 findet sich die Kirche von Eixen im Ratzeburger Zehntregister.

Nach der Niederwerfung der slawischen Stämme durch den Sachsenherzog Heinrich der Löwe, allen voran des Obotritenfürsten Niklot, erhielt dessen Sohn Pribislaw im Jahr 1167 große Teile Mecklenburgs als Lehen zurück, mit Ausnahme der Burg Schwerin und eines umfangreichen zugehörenden Gebiets. Diese gab Heinrich der Löwe seinem Gefolgsmann und vertrauten Ministerialen, dem Edelherren Gunzelin von Dahlenburg (Gunzelin I.), der damit der erste Graf von Schwerin wurde. Die Grafschaft Schwerin blieb fast 200 Jahre im Besitz der Dahlenburger. Im Jahr 1357 kam sie durch Verkauf zum Haus Mecklenburg und zählte fortan bis zum Ende der Monarchie im Jahr 1918 zu den Hauptbesitzungen der mecklenburgischen Herzöge (nach Standeserhebung im Zuge des Wiener Kongresses ab 1815: Großherzöge).

Um das Jahr 1200 schenkten die Grafen von Schwerin die Dörfer Eixen, Goddin, Moraas und Sülstorf dem Johanniterorden, der sich im 13. Jahrhundert langsam über Mecklenburg ausdehnte und eine Priorei (kleines Kloster) in Sülstorf errichtete, 20 km südlich von Schwerin. Gleichzeitig holten die slawischen Fürsten einige tausend deutsche Siedler aus Westfalen, Niedersachsen, Friesland und Holstein in ihr Land, die es kultivieren und bewirtschaften sollten. Geleitet wurde die Priorei anfänglich noch von der Komturei in Werben (Elbe) in der Altmark. Nach und nach verschoben sich jedoch die Machtverhältnisse und es kam Anfang des 14. Jahrhunderts zur Gründung einer Komturei in Kraak, unweit von Sülstorf. Warum danach die Johanniter-Kirche in Eixen zum kirchlichen Mittelpunkt wurde und nicht das viel näher gelegene Sülstorf, bleibt vorerst unklar.

Im Mittelalter entwickelte sich die Johanniter-Kirche von Eixen zu einer bekannten Wallfahrtskirche. Diese Entwicklung wurde begünstigt durch den Ausgang von Streitigkeiten um das Kirchenpatronat, der zwischen den Johannitern und den Ratzeburger Bischöfen geführt worden waren und die die Ordensbrüder im Jahr 1283 für sich entscheiden konnten. Im 16. Jahrhundert findet sich auch die Bezeichnung „Münster zu Groß Eixen“, was als ein Hinweis auf die Größe und die Bedeutung der Johanniter-Kirche in der damaligen Zeit gedeutet werden kann. Nachweislich ist auch, dass die herzogliche Familie oft in Groß Eichsen zu Gast war.

Im Spätmittelalter (1250-1500) nutzen zudem durchziehende Ritter die Johanniter-Kirche als Pilgerherberge auf ihrem Weg in das Gebiet des Deutschen Ordens, dem späteren Ostpreußen. Sie waren auf der "Heidenfahrt" bzw. "Litauenreise". Mit dieser euphemistischen Umschreibung waren die militärischen Übergriffe des Deutschen Ordens gegenüber der heidnischen Bevölkerung in Litauen gemeint. Aus Abenteuerlust und in der Hoffnung auf Ruhm und Anerkennung reisten seinerzeit Ritter aus Deutschland, England, Frankreich, Schweden und anderen europäischen Ländern im Frühjahr nach Ostpreußen, um an Kriegszügen teilzunehmen, bei denen es offiziell um die Christianisierung Nordosteuropas ging. Diese Kreuzzüge endeten erst im Jahr 1410 mit der Niederlage des Deutschen Ordens in der Schlacht bei Tannenberg und dem Thorner Frieden von 1411.

Die Johanniter bleiben bis zur Reformation in der Priorei Groß Eichsen. Hiernach wurde deren Besitz säkularisiert. Der Verfall der Baulichkeiten, die einst zur Johanniter-Kirche Groß Eichsen gehörten, ist nicht dokumentiert. Es wird berichtet, dass man die letzten Wohngebäude der Johanniter wegen Baufälligkeit zwischen 1700 und 1730 abgerissen habe.

Ein Interim in der Form, dass der Schweriner Domherr Paschen Gustävel Inhaber der Priorei war, bestand bis zum Jahr 1552. Hiernach übernahm der herzogliche Kanzler und Rat Johann von Lucka das Gut Groß Eichsen mit allen Gerechtigkeiten. Jedoch beanspruchte Herzog Johann Albrecht I. schon bald die hohe Gerechtigkeit, Steuer, Landfolge und Jagd. Aus diesem Grund wurde im Jahr 1560 ein Kontrakt mit Lucka geschlossen und das Gut dem Herzog zurück verschrieben, der es seiner Gattin Anna von Preußen als Eigentum übertrug. Nach deren Tod im Jahr 1591 verkaufte er Groß Eichsen zusammen mit Goddin an Kurt von Sperling. Ihm folgten über die Jahrhunderte weitere Besitzer.

Im Jahr 1978 schien das Schicksal dieses großartigen Bauwerkes besiegelt. Die Kirchengemeinde und die zuständigen Behörden resignierten vor der finanziell scheinbar nicht zu realisierenden Aufgabe, die inzwischen verfallene Kirche zu retten. Das Inventar sollte anderen Kirchen zukommen und die Ruine gesichert werden.

Trotz aller Aussichtslosigkeit wagte die Gemeinde im Jahr 1983 das Unmögliche: Das Dach des Kirchenschiffes konnte gedeckt werden. In einem Großeinsatz räumte die Junge Gemeinde im Jahr 1984 den Schutt aus der Kirche. Im November 1984 konnte wieder der erste Gottesdienst gehalten werden. Im Jahr 1987 machte die Johanniter-Hilfsgemeinschaft Lüneburg durch mannigfachen Einsatz und Spenden die Erneuerung des Turmdaches möglich.

Nach der Wiedervereinigung Deutschlands haben es sich die Kirchengemeinde und der im Jahr 1994 gegründete Förderverein Johanniter-Kirche Groß Eichsen e.V. zum Ziel gesetzt, das Gotteshaus und seine kunsthistorisch bedeutende sakrale Ausstattung als eine würdige Stätte für kirchliches und kulturelles Leben zu erhalten.

Dank vielseitiger und großzügiger finanzieller Hilfen konnten in den Jahren 1994 bis 2016 das Sockelmauerwerk repariert, der barocke Altaraufsatz und das Triumphkreuz restauriert, die Rekonstruktion der Hantelmann-Orgel abgeschlossen, das Dachtragwerk und das Außenmauerwerk repariert, eine Innenbeleuchtung installiert und die Kirche neu ausgemalt werden.

Doch folgende kostenaufwendige Arbeiten sind alsbald zu bewältigen:

• Restaurierung der Nordhalle zwecks anschließender Nutzung als Begegnungsraum sowie im Interesse weiterer Nutzungsmöglichkeiten incl. Einbau einer Teeküche und Toiletten
• Restaurierung einer barocken Holzdecke im Stil ornamentaler Grisaillemalerei, die sich in der Nordhalle befindet
• Restaurierung des barocken Chorgestühls für die ehemals 16 Ritter des Johanniterordens.
• Restaurierung der barocken Kanzel