Im Innern ist die kreuzrippengewölbte Turmhalle in ganzer Höhe zum Schiff hin geöffnet, an die sich Schildbögen für geplante Gewölbe anschließen. Auch die vorhandenen Strebepfeiler lassen erkennen, dass eine Einwölbung des Kirchenraums einmal beabsichtigt war. Die Anbauten sind flach gedeckt, der südliche zum Schiff offen, der nördliche abgetrennt. An der nördlichen Balkendecke lassen sich noch Reste ornamentaler Grisaillemalerei (Malerei die auf reiner Schattenwirkung beruht und ausschließlich in Grau, Weiss und Schwarz ausgeführt wird) aus der zweiten Hälfte des 17. Jahrhunderts, erkennen.

Die Innenausstattung ist vor allem durch barocke Stücke bemerkenswert.

Der Altar

Die Kirche besitzt einen Barockaltar, der vom Patron der Kirche, dem Hofgerichtspräsidenten Ulrich von Stralendorff (1641–1699) zusammen mit seiner Ehefrau Margaretha (geb. von Plessen (1645–1708) aus dem Hause Damshagen) im Jahr 1698 gestiftet wurde. Der weit ausladende, 6,60 Meter hohe und 5,85 Meter breite hölzerne Altaraufsatz gehört zu den frühesten und reichsten barocken Altaraufsätzen in Mecklenburg. Fünf Gemälde, in der Mitte das Abendmahl, die Kreuzigung und Himmelfahrt im oberen Teil, an den Seiten die Gesetzgebung und die Bergpredigt, schmücken diesen typisch barocken Altaraufsatz. Schnitzfiguren von Petrus, Paulus, beiden Johannes, dem siegreichen Christus und Engeln an den Seiten und in der Bekrönung ergänzen den Altar.

Der Altaraufsatz wurde 1998 nach Reparatur und Restaurierung wiedergeweiht.

Die Kanzel

Die barocke Kanzel ist eine Arbeit von 1680. Auch sie trägt die Wappen von Ulrich von Stralendorff und seiner Gattin. Die Brüstungsfelder sind mit neutestamentlichen Szenen bemalt. Die derzeit noch nicht restaurierte Kanzel besitzt einen prächtigen Schalldeckel. Der Zugang erfolgt über eine schmale Treppe aus der Sakristei.

Die älteren Ausstattungsstücke

Das vom Ende des 15. Jahrhunderts stammende etwa vier Meter hohe Triumphkreuz wurde 2006 restauriert. Unbefriedigende Leimfarbfassungen des 19. Jahrhunderts wurden entfernt, bildhauerische Ergänzungen in Eichenholz vorgenommen und farblich dem Holzton angepasst. Sein ursprünglicher Platz war auf der Rückseite des Altars. In früherer Zeit ging die Gemeinde nach dem Abendmahl bzw. Erhalt der Kommunion um den Altar herum und bekreuzigten sich unter dem am Kreuz hängenden Christus. Heute befindet sich das Triumphkreuz im Kirchenschiff, östlich der Nordvorhalle.

Eine der wuchtigsten Granittaufen in Kelchform in Mecklenburg stammt noch aus den ersten Zeiten der Priorei. Die Gesamthöhe der Tauffünte beträgt 103 cm und deren Breite misst 111 cm. Die Höhe der Kuppa beträgt 65 cm. Sie hat zudem eine Wandstärke von 15 cm. Sie ruht heute im Altarraum auf einem viel zu kleinen vierpassförmigen Sandsteinfuß, der vier Maskenköpfe als figürlichen Schmuck hat. In früheren Zeiten stand das Taufbecken in einem kleinen Seitenraum im Turm, links neben dem Westportal. Hier lassen sich noch steinerne Fundamentreste in Kreisform finden.

Das von Anfang des 16. Jahrhunderts stammende Chorgestühl ist aus Eichenholz gefertigt und besteht aus zwei Sitzreihen zu je acht Plätzen. An den Baldachinen mit durchbrochenem gotischem Schnitzwerk und mit dem Wappen des Priors Johannes Wulff versehen. Leider ist das Chorgestühl nicht mehr vollständig erhalten. In den 1980er Jahren war es auf Grund baulicher Unzulänglichkeiten über lange Zeit erheblicher Feuchtigkeit ausgesetzt, was nicht spurlos blieb. Als die Kirchengemeinde dann erste Anstrengungen unternahm, die Substanz zu sichern, wurden Teile des Chorgestühls entfernt, die nicht erhalten werden konnten.

Die Hantelmann-Orgel

Die 1687 durch den Lübecker David Georg Briegel und Orgelbauer Sager eingebaute Orgel wurde 1723 wahrscheinlich durch den Lübecker Orgelbauer Hans Hantelmann in die benachbarte Dorfkirche Mühlen Eichsen umgesetzt.

Die barocke Orgel wurde 1723 vom Orgelbauer und Schüler Arp Schnitgers Hans Hantelmann gebaut. Mit ihrer kurzen Oktave und der mitteltönigen Stimmung galt die Orgel schon in der Zeit ihrer Erbauung als altertümliches Instrument, das sich der damalige Patron der Kirche Groß Eichsens, Ulrich von Strahlendorf, wahrscheinlich für seine eigenen Bedürfnisse als Orgelspieler bauen ließ. Die gesamte Empore – mit dem Aufgang und Rückpositiv – ist von ihrer Gestaltung her schon ein bemerkenswertes Kunstwerk.

1907 wurde die Hantelmann-Orgel vom Schweriner Orgelbauer Marcus Runge unter weiterer Verwendung vieler Bauteile romantisch überbaut. Der barocke Prospekt blieb weitgehend erhalten. Die Brüstung der Orgelempore zeigt zeitgenössische Darstellungen mit Musikern und ihren Instrumenten und dazu passenden Psalmversen; am Aufgang finden sich musizierende Engel. Ein reiches Holzdekor mit üppigen Schleierbrettern, Ohren und Bekrönungen der Pfeifentürme, dazu Malereien auf den Prospektpfeifen mit Fratzen und Gesichtern, schmücken den Orgelprospekt. Besondere Aufmerksamkeit erfahren die beiden Zimbelsterne, wenn sie zum Abschluss eines Stückes zu Rotation gebracht werden.

Die Orgel konnte im Jahr 2002 nach mehrjähriger Restaurierung wieder eingeweiht werden. Das Rückpositiv wurde 1990/91 durch den Dresdner Orgelbauer Kristian Wegscheider restauriert. Er stellte im Jahr 2002 das Hauptwerk und Pedal – ein historisierender Neubau, unter konsequenter Einbeziehung aller noch vorhandenen Originalteile – wieder her.

Hauptwerk CDEFGA–c: Quintade 16‘, Principal 8‘,Gedact 8’, Octave 4’, Quinte 3’, Superoctave 2’, Trompete 8’, Mixtur IV Cimbelsterne Tremulant
Rückpositiv CDEFGA–c:  Quintade 8’, Principal 4’, Rohrflöte 4’, Octave 2’, Sesquealtera II, Dulcian 8’
Pedal CDE-d (angehängt): Fis an fis, Gis an gis

Die Glocken

Im Turm sollen sich früher zwei Glocken von 1680 und 1679 befunden haben. Eine Glocke musste zu Kriegszwecken abgegeben werden. Sie wurde eingeschmolzen und teilte so das Schicksal vieler anderer Glocken. Heute hat die Johanniterkirche nur noch eine Glocke. Sie trägt die Wappen und Namen ihrer Stifter, Ulrich von Strahlendorffs und seiner Frau Margaretha von Plessens.

Grabplatten in der Kirche

In der südlichen Halle finden sich mehrere Grabplatten, die in die Wand eingelassen wurden.

• Kaspar von Schöneich († 1547), Kanzler der mecklenburgischen Herzöge Balthasar (1451-1507), Heinrich V. (1479-1552) und Herzog Albrecht VII. den Schönen (1486-1547)
• Bernhard Joachim von Bülow, Sohn des gleichnamigen mecklenburgischen Diplomaten und Oberhofmarschalls
• Ulrich von Stralendorff († 21.12.1699) und Margaretha von Plessen († 19.12.1708)
• J.(ohann) J.(acob) von Leers, siehe unten
• Reinhard von Leers († 1921)

Im Außenbereich befinden sich weitere Grabplatten der Familie von Leers sowie eine Gruft, die jedoch leer ist.

Die Familie von Leers ist eine ursprüngliche Kaufmanns- und spätere Mecklenburger Gutsbesitzerfamilie. Der älteste Nachweis datiert aus dem Jahr 1567 und stammt aus dem Raum Aachen. Erstes prominentes Mitglied dieser Familie war Johann Jakob Leers (geb. 1732; gest. 1814), ein sog. Handelsherr in Hamburg und Besitzer von Kupfermühlen und Messingfabriken in Mecklenburg und Holstein. Er amtierte auch als mecklenburgischer Geheimer Finanz- und Domänenrat in Schwerin. Kaiser Leopold II. erhob ihn im Jahr 1791 in den Reichsadelsstand. Die Familie von Leers, die im Jahr 1821 in die Mecklenburgische Ritterschaft aufgenommen worden war, erwarb im Amt Gadebusch Besitz in Vietlübbe (1786), Schönfeld (1807) und Mühlen Eichsen (1817). In den Jahren 1837–1847 wird der gleichnamige Sohn von Johann Jakob von Leers als Provisor im Kloster Dobbertin genannt.

In der zweiten Hälfte der 1920er Jahre verlor die Familie die Güter durch Konkurs und Verkauf wieder: Vietlübbe 1928, Schönfeld 1930, Mühlen Eichsen 1930 aufgesiedelt.

Namensträger aus dem Hause Schönfeld und Nachfahren des o. g. Johann Jakob von Leers waren die Brüder Johann von Leers (1902-1965) und Kurt Mathias von Leers (1912-1945), dessen Vater im 1. Weltkrieg fiel.

Johann von Leers war glühender Nationalsozialist und einer der umtriebigsten antisemitischen Propagandisten im III. Reich. Bei Kriegsende bekleidete er den Rang eines SS-Obersturmbahnführers. Seit 1936 war er Professor an der Universität Jena und Inhaber des Lehrstuhls „Deutsche Rechts-, Wirtschafts- und politische Geschichte auf rassischer Grundlage“, allerdings ohne je selbst Geschichte studiert zu haben bzw. habilitiert worden zu sein. Zu seinen damaligen Assistentinnen gehörten u.a. Ingeborg Meinhof, die Mutter der Mitbegründerin der Rote Armee Fraktion (RAF), Ulrike Meinhof, sowie deren spätere Pflegemutter, Renate Reimeck. Beide promovierten auch bei Johann von Leers. Nach dem Krieg flüchtete Johann von Leers nach Argentinien und lebte ab 1955 in Ägypten, wo er auch zum Islam konvertierte.

Sein jüngerer Bruder Kurt Mathias von Leers, Student der katholischen Theologie, wurde 1942 von der Gestapo verhaftet, gefoltert und anschließend bis 1943 im KZ Dachau inhaftiert. Er starb an den Folgen von Folter und Haft im August 1945. Auf Grund seiner Weigerung, sich von der katholischen Kirche loszusagen, wird er in dieser als Märtyrer betrachtet und wurde in das im Auftrag der Deutschen Bischofskonferenz erstellte deutsche Martyrologium des 20. Jahrhunderts aufgenommen.